Le Secrétariat Général est le premier organe d’exécution de la CENC. Les fonctions du Secrétariat Général sont :

• Assurer la préparation des diverses réunions de la CENC, ainsi que leur secrétariat et la rédaction des comptes-rendus ;
• coordonner les activités et initiatives, sur le plan national et international, des divers Secrétariats, Services et Bureaux de la CENC ;
• promouvoir des relations avec les Conférences Épiscopales des autres nations, spécialement en Afrique ;
• préparer le budget de la CENC à soumettre au Conseil Permanent et l'Assemblée Plénière ;
• contrôler l'exécution du budget conformément aux décisions prises.

Au service de l'Assemblée Plénière, du Conseil Permanent et à la disposition des Évêques du Cameroun, le Secrétariat Général est l'élément de coordination et de liaison entre les divers Secrétariats, Services et Bureaux nationaux.

Il relève directement du Conseil Permanent.